市计量质检院内设二室、八部、六分院，即：办公室、党委办公室，人力资源部、财务部、发展部、技术质量部、科技与信息部、资产设备部、计量业务部、质检业务部，第一分院（江津）、第二分院（合川）、第三分院（永川）、第四分院（万州）、第五分院（黔江）、第六分院（涪陵）。建有十三个专业检测中心，即：长度计量检测研究中心、力学计量检测研究中心、衡器计量检测研究中心、流量计量检测研究中心、电学电子计量检测研究中心、温度医化计量检测研究中心、化工产品质量监督检验研究中心、材料产品质量监督检验研究中心、轻工产品质量监督检验研究中心、电气产品质量监督检验研究中心、珠宝玉石与贵金属质量监督检验研究中心、能源检测中心、璧山检测中心。下属重庆市质量技术评审和认证中心、重庆市机动车质量监督检验中心。控股重庆车辆检测研究院有限公司、重庆消防安全技术研究服务有限责任公司，全资经营重庆金质节能认证有限公司、重庆比林科技实业总公司、重庆三和检测技术开发公司。
